Ali Hassan bổ nhiệm vào Bộ trưởng Chính quyền Địa phương sau khi Chiến tranh Iran – Iraq kết thúc năm 1988, với trách nhiệm tái định cư vùng của người Kurd với cư dân Ả Rập tái định cư từ các nơi khác tại Iraq. Hai năm sau, khi Iraq xâm lược Kuwait tháng 8 năm 1990, ông trở thành thống chế quân sự của lãnh thổ bị chiếm đóng. Ông thành lập chính phủ đàn áp Kuwait và cướp phá. Tháng 11 1990, Ali Hassan được gọi về Iraq và được bổ nhiệm Bộ trưởng Nội vụ vào tháng 3 năm 1991. Theo sau Iraq bại trận trong cuộc chiến, ông chỉ huy càn quét cuộc nổi loạn người Chiisme tại miền Nam cũng như người Kurd tại miền Bắc. Cả hai cuộc khởi nghĩa bị đàn áp với hành động tàn bạo, cả ngàn người chết.[3]

Sau đó ông trở thành cột trụ của Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, mặc dù anh ta hơi thất bại từ sự gia hạn năm 1995 khi Saddam đuổi việc ông sau khi phát hiện ra rằng Ali Hassan bị dính vào vụ buôn lậu lúa bất hợp pháp cho Iran. Vào tháng 12 năm 1998, tuy nhiên, ông được Saddam gọi lại và bổ nhiệm chỉ huy khu vực phía nam của Iraq, nơi máy bay Hoa Kỳ và Anh ngày càng hoạt động tích cực trong nhiệm vụ thực hiện các cuộc không kích ở khu vực cấm bay phía Nam. Ali Hassan đã được bầu lại vào chức vụ này vào tháng 3 năm 2003, ngay lập tức trước khi bắt đầu Chiến tranh Iraq. Ông đóng ở cảng phía Nam của thành phố Basra và đã ở đó, vào tháng 4 năm 2003, nguồi tin báo cáo sai rằng ông đã chết trong cuộc không kích.[2]

Ali Hassan thoát chết cuộc tấn công, nhưng bị bắt bởi lực lượng Hoa Kỳ ngày 17 tháng 8 năm 2003. Ông bị liệt kê như người bị truy bắt nhiều nhất thứ 5 tại Iraq, hiển thị như là Vua của Phần Cuối trong bộ bài với những lá bài người Iraq rất được muốn.[4] Năm 2006 ông bị buộc tội diệt chủng và tội ác chống nhân loại cho vai trò của mình trong chiến dịch Anfal và được chuyển giao cho Tòa án Đặc biệt Iraq để xét xử.[5] (Tuy nhiên, ông chưa bị kết án với cuộc tấn công tháng 3 năm 1988 vào Halabja; chuyện này đang được xử lý như một trường hợp riêng biệt mà chưa đến để xét xử.[6]))